Nền kinh tế Majapahit, dựa vào hai cột trụ là sản xuất lúa gạo và thương mại hàng hải, đã phát triển mạnh mẽ nhờ nhu cầu trao đổi thương mại quốc tế gia tăng trong thời kỳ đó, nhờ việc kiểm soát các cảng biển và ổn định các khu vực bằng sự chinh phạt và bố trí người của triều đình tới cai trị. Các thủy thủ được triều đình ban cho nhiều ưu đãi, và họ vừa làm các chiến sĩ hải quân, vừa làm các thủy thủ thương mại. Các vua Majapahit đã có những biện pháp tháo gỡ các trở ngại giữa vùng sâu trong đất liền và cảng biển. Giữa triều đình và thương gia có mối quan hệ tốt đẹp.[7]

Nguồn thu của bản thân triều đình dựa vào hệ thống thuế (từ thương nhân và thợ thủ công) và tô (từ nông dân). Các cơ quan của triều đình sẽ trực tiếp làm nhiệm vụ thu các nguồn nói trên trong các xứ mà triều đình kiểm soát hoàn toàn. Đối với các vùng đất phụ thuộc ở xa, các thủ lĩnh địa phương có nghĩa vụ trưng thu và nộp cho triều đình một phần.[7]

Vào khoảng giữa thế kỷ 14, thương nhân và thủy thủ Majapahit đã thống trị việc buôn bán hương liệu ở các đảo Maluku. Họ mua gia vị và hương liệu tại nơi sản xuất, vận tải chúng đến các cảng trung chuyển ở Java để cất trữ và đóng gói, rồi từ đó xuất khẩu tới Trung Quốc và châu Âu.[8]

Thời Majapahit, Java đã sản xuất được nhiều lúa gạo và có dư để xuất khẩu. Trong khi đó, gia vị và hương liệu vẫn luôn là mặt hàng xuất khẩu quan trọng của Java. Các nghiên cứu khảo cổ cho thấy nhiều đồ gồm có xuất sứ Trung Quốc ở Java, chứng tỏ thu nhập đã khá cao thúc đẩy nhu cầu tiêu dùng hàng nhập khẩu. Ngoài hàng hóa nước ngoài, tiền nước ngoài cũng được tìm thấy rất nhiều, chứng tỏ sự phát triển của dịch vụ ngoại hối và nền kinh tế tiền tệ.[7]